文莱渔业部成立于1966年，该部门被安置在首都斯里巴加湾市中心的皇家海关大楼，办公室建成后迁至丘吉尔纪念大楼。
除了渔业部外，丘吉尔纪念大楼还设有哈桑纳尔博尔基亚水族馆及其淡水和海洋水族馆，以及博物馆部门的一部分，其中包括温斯顿丘吉尔博物馆。
哈桑纳尔·博尔基亚水族馆于1991年被拆除，为皇家礼仪展览让路，渔业部从大楼搬到了阿提拉建筑群的租用区域，该司于1996年3月迁至新的工业和初级资源部大楼。
在其运作的最初几年，该部门的大部分人力和财政资源（约60%）用于管理和经营Hassanal Bolkiah水族馆以及文莱/穆阿拉区磅东古淡水养鱼场的运营，其余的人力和财政资源用于为手工捕捞渔业提供服务。
然而，该部门确实认识到海洋鱼类资源的重要性，并于1968年在文莱水域进行了一次简短的调查。尽管调查的范围相当有限，但调查确实表明存在可以开发的中等鱼类资源，需要进行进一步调查以确定资源的规模。
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