出口加工区的功能是保税加工，保税物流，研发、检测、维修等，根据《国务院办公厅关于印发加快海关特殊监管区域整合优化方案的通知》（国办发〔2015〕66号），出口加工区将整合优化为综合保税区。
2000年10月，江苏昆山出口加工区于率先封关运作，成为中国第一个出口加工区。
为规范加工贸易管理，2000年4月，国务院在江苏、辽宁、天津、上海、浙江、北京、山东、广东等省（市）批准设立了首批15个出口加工区，按照优化存量、控制增量、规范管理、提高水平的方针，逐步实现对加工贸易企业集中规范管理。
出口加工区的主要税收政策包括：除法律、法规和现行政策另有规定外，境外货物入区保税或免税；货物出区进入境内区外销售，按货物进口的有关规定办理报关手续，并按货物实际状态征税；境内区外货物入区视同出口，实行退税；区内企业之间的货物交易免征增值税和消费税。
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